一般认为，自然历史博物馆起源于18 世纪的法国；著名博物学百科全书《自然史》的作者布封，于1739 年7 月26 日，被法国国王路易十五正式任命为皇家植物园总管。布封在执掌皇家植本书序物园近半个世纪中，广为收集了世界各地的动植物、矿物等博物学标本，皇家植物园内的众多“奇珍柜”，便是后来自然历史博物馆的雏形。法国大革命之后，新政府在此基础上，正式建立了巴黎国立自然历史博物馆。

    及至19 世纪，以英国为首的欧洲新兴资本主义国家，开始对外大规模扩张，殖民主义者以及博物学家们，从世界各个角落带回在当地采集的五花八门的博物学标本。这也是近代欧洲博物学发展的黄金时代，而德国的洪堡、英国的达尔文与华莱士，便是那个时代家喻户晓的博物学家代表人物。

    自称为达尔文的“斗犬”，那位写过《进化论与伦理学》（即严复所译《天演论》）的著名英国解剖学家赫胥黎，也是当时最负盛名的博物学家之一。为了与强大的宗教势力分庭抗礼，他与其同事们几乎以“宗教般”的热情，来宣传达尔文的生物进化论。按照著名科学史家鲁斯的说法，他们甚至为其“新宗教”建造了“教堂”，不过他们没有称其为教堂 ，而是叫作“博物馆”罢了。通常信教的人，一家大小会在星期天上午去教堂“做礼拜”，而赫胥黎一帮人则鼓励大家星期天下午携全家去自然历史博物馆，参观各种引人入胜的化石展品——因为这些化石都是生物演化的实证。

    也正是差不多同一时期，美国的古生物学家们开始在美国西部发掘出那些奇奇怪怪的史前动物化石，譬如：背负棘板的剑龙、生有四个脚趾的小马——始祖马等等。此后，大大小小的自然历史博物馆也在美国各地雨后春笋般地出现了。