科学文化是一种理性文化。科学文化具有普遍性和开放性，这一点无论从其产生还是传播的历史都可以看出来。而西方世界和西方文明如古希腊与基督教，对于科学文化的产生和传承确曾有过独特贡献，但科学文化在世界其他地区、其他文明中，譬如在伊斯兰黄金时代及中国宋代同样可以取得较好的发展。

    科学文化总是生长、运作于特定的本土文化之中，总是作为本土文化的一个组成要素或是作为其中的具有相对独立性的子文化而存在。在近代欧洲，随着科学革命与科学制度化进程的开启，科学作为一种子文化事业，曾经获得相当程度的自主性；但时至今日，科学制度化进程步入科学国家化发展的阶段，科学的自主性也正随之下降，科学事业与国家发展密切相关，科学政策也被世界各国普遍视为国家政策必不可少的组成部分。

    科学文化与本土文化共生共变。科学文化的发生、发展过程，即是科学文化与各种本土文化相互凝聚、融合的过程。科学文化与本土文化之间有着复杂的作用途径和机制。在基督教文化中，曾经有过一个科学的基督教化进程，与此同时发生的则是基督教的理性化进程，18世纪后期，科学文化在近代欧洲又经历去基督教化进程。这表明，科学文化的核心价值准则总是取向于理性主义的，它总是牵引人们皈依理性；而本土文化的价值标准则是多元的、取决于本土文化对善恶的理解，并可随时间变化而变动。

    我们可以从对现代科学文化的长时段历史分析中学到什么呢？我们必须把科学文化发生发展进程，看作是一种普遍的理性主义的价值系统和各种本土文化相融聚的进程。如今，中国在建设科学文化时，应以“提升民族理性”为宗旨，而不应倡导建设所谓“带有中国特色的科学文化”，应尊重科学的自我价值及其发展规律。