研究成果相继在《Nature》、《Science》、《Nature Genetcis》、《Nature Biotechnology》、《Plant Cell》、《Proc Natl Acad Sci USA》、《Elife》、《Nucleic Acids Res》等国际著名学术刊物上发表；2012—2015年，共计发表研究论文431篇，SCI影响因子9以上的88篇；申请发明专利107项，新获得专利授权102项；获批两个软件著作权；获得国家自然科学二等奖1项；培养博士研究生227人，硕士研究生192人……

    这是863计划现代农业技术领域“水稻等主要农作物功能基因组”所取得的成绩。

    2014年《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020年）实施情况中期评估》“农业领域专题评估报告”中，“水稻等主要农作物功能基因组学”的研究成果被列为农业领域重大标志性成果之首。

    通过项目的实施，最终将建立一系列新型高通量功能基因组研究平台，分离克隆一批拥有自主知识产权的功能基因，全面揭示控制主要农作物重要农艺性状的生物学机制，为农作物的遗传改良提供基因资源和分子操作蓝本，极大地提升作物遗传改良研究的水平，全面推动农业科学的发展。

    项目首席专家华中农业大学张启发教授介绍，我国是世界上较早启动作物功能基因组研究计划的国家，项目针对作物生产中“少投入、多产出、保护环境”的作物育种目标，通过解析水稻、玉米、小麦这三大农作物功能基因组，在水稻、玉米和小麦资源、信息和生物技术平台的构建完善以及调控产量、品质、抗逆、养分水分高效吸收利用重要农艺性状功能基因和调控因子的克隆，基因调控网络解析等领域取得了一系列重要进展。研究成果相继发表在Nature、Science等国际顶尖学术期刊物上，体现了我国作物功能基因组研究在国际上的优势地位和领先水平。

    目前，我国水稻功能基因组研究居世界领先行列。克隆了产量性状基因GS3、GW2、GW8、GS5、Ghd7，独角金内酯途径的关键负调节因子D53，籼粳广亲和基因S5，光敏不育基因pms3，抗旱、抗盐碱基因DWA1、SIT1，耐寒基因COLD1，抗病虫基因STV11、Xa26、xa13、xa25、Bph14、Bph3，氮利用基因DEP1，稻米品质基因Chalk5和OsAAP6等。这些基因的克隆不仅代表了该领域国际研究的前沿进展，在育种中表现出重要应用前景。据统计，2011—2014年间全世界在影响因子（IF）大于9的刊物上共发表水稻论文328篇，其中来自于中国大陆的论文140篇，占43%。

    水稻功能基因组研制水稻全基因组育种芯片，建立我国第一套作物全基因组选择育种技术平台，填补国内空白。该项目研发的三个不同密度的具有我国自主知识产权的水稻全基因组育种芯片，为全球首创，已经被证明能成功地应用于水稻杂交群体分析、品种鉴定、定向改良以及分子设计育种实践等，在水稻遗传研究及育种应用中具有非常好的应用前景。截至目前，已为全国二十余家单位提供全基因组育种芯片及分子标记检测服务。

    小麦和玉米功能基因组发展迅速，在多个领域占据领先优势。小麦构建了世界上第一个小麦D基因组的框架图。该框架图的构建结束了小麦没有全基因组组装序列的历史，对小麦基因组研究具有重要的意义。玉米利用全基因组关联分析大规模地、系统性地鉴定影响含油量和脂肪酸组分的基因位点，提出“微效多基因的累加是人工选择高油玉米成因”的学术观点，从基因组水平上对作物轮回选择获得增益的育种学理论进行了系统的遗传剖析。

    同时，张启发建议，部分产量、品质、抗逆性状基因克隆方面所取得的成果尚是初步的，距离系统解析性状形成的分子机理尚有很大差距；希望能集中优势力量，针对重要农艺性状形成的分子机理进行深入研究，全面解析这些重要农艺性状基因的生物学功能及其调控网络，最终实现对主要农作物重要农艺性状进行有效的遗传调控，解决生产育种的实际问题；小麦基因组比较复杂，由于小麦基因组的庞大和复杂，在测序和序列分析时对数据分析的硬件和平台要求特别高；数据的挖掘和分析需要完善的硬件条件和生物信息团队。