1956年

    在云南省中医医院（昆明市云瑞西路）建立研究室（云南省药物研究所最早雏型）。

    1957年

    组建药用植物园、植化、药理实验室，开展相关研究工作。开展《滇南本草》的调查整理工作，完成第一卷初稿编写任务。

    1967年

    开展了“云南白药”“百宝丹”“白药精”的止血、镇痛、抗炎等药理作用的比较，为“统一处方，提高疗效”提供初步试验依据。

    全国“523”领导小组成立，此后，在云南“523”办公室统一协调下，启动民族民间抗疟中草药等调查。

    1978年

    《全国中草药汇编》、青蒿抗疟研究和傣肌松分别获全国科学大会奖。

    1979年

    青蒿素获国家发明二等奖（云南省药物研究所排名第三）。

    1990年

    《云南中药志》第一卷编撰完成并出版发行。

    1999年

    “金品系列药物研究开发及产业化”列入省科技厅重大项目。

    云南省人民政府办公厅转发省科委等部门“关于云南省11个部门所属科研机构管理体制改革的工作意见的通知”，药物所列入转制改革单位。

    2005年

    “金品”系列药物的研究开发及产业化项目，获云南省科技进步二等奖、云南省优秀发明创造选拔赛一等奖、第十五届全国发明展会金奖。

    “痛舒胶囊”荣获国家五部委重点“新产品证书”。

    《云南天然药物图鉴》（第一卷、第二卷）， 获中华中医药学会科学技术（著作）三等奖。

    2008年

    《云南民族药志》第一卷出版发行（已出版发行至第五卷）。

    金品肿痛气雾剂、痛舒胶囊被授予“云南名牌”产品。

    《滇南本草》增补版第一卷出版发行（出版发行至第四卷）。

    国家发改委立项建设“昆明国家生物产业基地生物医药中试生产中心——中药、天然药物制剂中试生产平台”。

    药物所被云南省科技厅、省财政厅、省国税局、省地税局认定为“云南省高新技术企业”。

    2011年

    获“西南民族药新产品开发国家地方联合工程研究中心”授牌。

    药物所列入“国家火炬计划重点高新技术”实施单位。

    国家发改委“西南民族药新产品开发国家地方联合工程研究中心”获授牌。

    被科技部认定为国家火炬计划重点高新技术企业（国科火字[2011]119）。

    痛舒胶囊美国FDA注册启动。

    “历时12年研究开启云南药用植物宝库之门”项目被评选为“2011年云南十大科技进展”。

    2013年

    “低纬高原地区天然药物资源野外调查与研究开发”荣获2012年度国家科技进步一等奖。在北京人民大会堂参加了国家科技奖励大会，刘延东国务委员向朱兆云颁奖。

    云南省药物研究所、云南白药研究院、云南白药无锡透皮技术工程中心组建成为云南白药集团创新研发中心。保留云南省药物研究所牌子和法人资格。

    《滇南本草》增补版第四卷正式出版发行；《云南天然药物图鉴》平装书全套1—8卷，正式出版发行。

    2014年

    财务管理、人力资源管理、薪酬绩效等运行机制与集团接轨；探索建立以项目为核心的绩效考核制度。

    药物安全性评价中心再次通过国家GLP复检。

    完成6项药品注册申报，获医疗器械注册证6项，获国家药用包装材料注册证1项，转让大健康产品1个。

    朱兆云荣获中华中医药学会2014年度特殊贡献奖。

    2015年

    担负云南白药集团重要技术支撑，累计完成集团技术项目40余项。

    引进博士8人，硕士25人，获评高级工程师7人。

    朱兆云所长荣获“何梁何利奖”。

    2016年

    被授予“2015年度创新型会员单位”称号。

    朱兆云荣获“云南省科学技术奖杰出贡献奖”。

    朱兆云荣获“创新先锋”称号。