电子文件档案的归档时间与传统档案不同。电子文件档案可以在文件办理结案后随时归档，或在某一时间周期定时统一归档，由文件形成部门通过网络传送给档案部门，并用电子数码签名封签认证，由档案工作人员接收登记，按事由原则给出档案分类号，设定访问限制级别，以便将来用户查找利用。这样随时归档，一方面可以避免文件漏归，保证归档率和完整率，另一方面也符合电子文件自身的特点，快速便捷，还可以避免档案的流失和病毒的破坏。

    电子文件的归档方式与传统档案不同。电子文件由于采用电子编码技术，可以编辑修改而不留痕迹，载体无法固定，某些鉴别文件原始凭证性的关键信息也可以更改，这些都使电子文件的原始凭证性辨别变得复杂而困难。因此，电子文件在形成过程中要随时进行数字签名、信息认证、身份验证和加密保护，保证文件在传输、处理过程中不会出现错误，以确保档案部门收到的电子文件的原始性、真实性和准确性，保证电子文件的法律凭证地位。

    电子文件在保管方式上和传统档案有差异。电子文件载体易老化变质及信息多媒体、新存贮介质的产生和发展，都会影响电子文件的长期可读性。档案部门可以在接收到电子文件后打印出一份纸质档案以作备份，但最终的解决办法还是需要计算机技术的发展和文件形成部门的配合，档案部门在接收到电子文件后对文件进行格式转换，以通用、统一的格式存储接收到的电子文件档案，以便将来计算机技术发展后，仍能读取以前存储的档案，保证信息资源方便利用。

    电子文件的分类、编目等管理方式与传统档案不同。因为电子文件的特殊性，可以达到文件一级的管理，所以，档案部门在接收到文件同时，可以马上给每份文件编制一个唯一的文件号，并给出相应的分类号和档案号，根据上下行文之间的关系，再给出相关文件号，在归档的同时进行主题词标引、著录。技术条件允许时可以编制多角度、全方位的检索工具方便检索查询信息。用户只须给出文件分类号或主题词，即可以找出相应的文件和相关的上下级行文及附件，从而大大减轻档案工作人员的劳动强度。

    电子文件查询利用方式和传统档案不同。只有符合一定条件，利用者才能注册、登记成为电子文件中心或电子档案馆的会员，会员就可以通过远程登录等方式，经电子文件中心进行确认身份并确定查阅权限获得许可后，才可以查询有关的电子档案信息，并要进行借阅登记和缴纳查询费用。