1965年1月13日，蒋介石正式颁布命令，特任蒋经国为“国防部长”。至此，蒋经国名副其实地掌握台湾的军权。

  蒋经国任“国防部长”期间，一方面积极在军中宣传“反攻大陆”，另一方面加强对大陆进行偷渡、空降、派遣和侦察飞行等活动，收集大陆情报。在他出任“国防部长”的第一年，派出的偷渡特务就达18批42人次，各种特务飞机对大陆的飞行达45批50架次。

  “王师号计划”

  “文化大革命”开始后，蒋经国认为是“反攻大陆”的最佳时机。

  1967年，他曾准备利用“文化大革命”造成的混乱局势，以特种兵、空降兵为主袭击大陆。蒋经国制订的有关方案叫 “王师”计划。根据1967年初提出的“王师一号计划”，国民党军队将对闽浙粤三省沿海地区和闽粤交界处实施“加强军”空降，两栖登陆作战、3个空降营和1个炮兵营、1个空军战斗机联队和1个运输机联队，外加所需的海军运输、巡航舰只。

  “王师二号计划”则是准备用30架C119运输机运送1个空降营和2个特种作战大队偷袭大陆。“王师三号计划”准备空降1个连和1个特种作战大队偷袭大陆。但由于美国的反对，蒋经国的“王师”计划最终未能付诸实施。

  原子弹研制计划

  1964年，大陆第一颗原子弹爆炸成功后，蒋介石深恐台湾遭受大陆的核武器攻击，除了在军队中不断进行防止核生化攻击的战术操演外，还决心启动原子弹研制计划，与大陆展开竞赛。1965年7月1日， “中山科学研究院筹备处”正式展开原子弹研制计划。蒋经国前后主持筹备处工作汇报19次，是原子弹研制计划的实际负责人。 

  在筹备期间，蒋介石企图邀请物理学家吴大猷指导原子弹的研制，并将发展原子弹的内部文件交给了吴大猷审核。然而，出乎蒋介石意料之外，吴大猷却认为台湾腹地狭小，在战略上不利于从事核子战争，因而强烈反对台湾发展核武器。 

  尽管遭到吴大猷的反对，蒋经国仍继续推行原子弹研制计划。然而，随着中美关系的改善，美国政府逐步调整了原先暗助与放任台湾发展核武器的政策，在美国的干预下，台湾发展核武的计划最终夭折。

  《老人生活报》 文/肖如平