蓝藻打捞是最直接、最环保和非常有效的手段，但其只是一项末端措施，要从根本上控制蓝藻，需要采取外源污染控制和内源污染治理相结合的思路，多技术手段联用，多部门协作，多专业统筹，以实现工程和非工程措施相结合方式来运行。

    李娟红介绍，蓝藻水华暴发容易产生一系列环境问题，国内外研究人员开发的系列蓝藻治理技术，概括起来分为外源污染控制和内源污染治理。其中，针对内源污染的主要治理技术有底泥疏浚、调水引流、深层曝气等，通过加快太湖水体流动，缩短换水周期，提高水体自净能力。同时，在外源控制和内源治理的基础上，正在结合生态修复方法，通过水生植物修复技术降低沉积物悬浮和内源污染释放，以重新建立湖泊的生态平衡系统。

    邓建才介绍，生态修复手段，是控制藻类并实现清水型生态系统的核心，也是技术难点。因为，浅水湖泊存在两种稳态，一是以大型水生植物为主要初级生产者的清水状态，二是以浮游藻类为主要初级生产者的浑浊状态。两种状态都具有一定的稳定性，能够针对外界干扰进行一定程度的自我调节、自我维系，超出这种耐受范围，生态系统的状态就会发生改变，稳态遭到破坏，并有可能转到另一种稳态。