1999年8月8日

    中国科学院院士、中国科学院昆明植物研究所名誉所长吴征镒给朱镕基同志写信，建议在云南建设以种子库为核心的野生生物种质资源库。

    2004年11月19日

    中国西南野生生物种质资源库正式奠基。

    2005年12月

    科技部批准国家科技基础条件平台建设“植物种质资源”项目。

    2007年1月5日

    首批3803份野生植物种子入库。

    2007年2月8日

    主体工程顺利竣工验收；4月29日投入试运行。

    2007年12月

    种质资源库完成1758份野生植物种子及相对应的数据、凭证标本和图片的采集，收集保存的种子总量达到约3000种、10000份。

    2008年1月20日

    中国西南野生生物种质资源库的建成入选2007年度中国十大科技进展。

    2009年11月23日

    项目通过中国科学院组织的预验收；11月24日，项目通过由国家发改委组织的国家验收。

    2010年5月9日

    中国西南野生生物种质资源库接收和备存了来自世界混农林中心第三批林木种子，该批种子共31种55份，采自肯尼亚、墨西哥、坦桑尼亚、危地马拉等8个国家。

    2021年2月25日

    种质库保存植物种子10601种、85046份，占我国有花植物物种总数的36%。