除了作为授粉者奖励的作用外，花蜜还为某些酵母菌和细菌提供了栖息地。这些微生物改变了花蜜的化学成分，并经常改变植物和传粉者之间的互惠关系，而这种关系我们才刚刚开始了解。许多关于这个多组分系统的研究都集中在酵母或细菌上，而没有考虑酵母和细菌之间的相互作用，但最近的证据表明，这种相互作用驱动了花蜜微生物群落的聚集及其对授粉的影响。酵母—细菌相互作用的潜在机制包括物理复合物的形成、营养相互作用、抗菌作用、基于信号传递的相互作用和水平基因转移。美国斯坦福大学生物系的塞尔吉奥·阿尔瓦雷斯-贝莱兹等研究人员认为，研究这些机制可以阐明花蜜微生物群落是如何建立的，并通过传粉者影响植物的适应性。